現状、一般にフリーウェア配布にはセキュリティの問題がつきもの、といってかまわないとされていて、インストールした時点でその脆弱性を持っているものから、インストールした後でネットからの攻撃を受けやすくなってしまうもの等、さまざまな危険にさらされる危険を孕んでいます。脆弱性についてはゼロデイと呼ばれその修正バージョンやパッチが発表、公開される前に狙われるような攻撃方法があります。近年増えているウイルス以外の種類のサイバー攻撃の対象になってしまうものが多くあるようです。
また、スマートフォンの配布サイト、アンドロイドマーケットも多種に分かれていて、ウイルスを仕組まれた配布ファイル、アプリケーション圧縮ファイル等が多く発表されていますので、ダウンロードには注意が必要です。スマートフォンについてはPCに比べセキュリティ対策ソフトも数が限られていて、それだけ狙われる可能性が高くなっています。アップル社ではiphone用の配布をする前にそれぞれチェックしているようですので比較的安心と言われています。